1. Zaman Kerajaan Jawa
Sejarah Kabupaten Cilacap dimulai sejak zaman Kerajaan Jawa, di mana pulau Jawa menjadi pusat peradaban dan kebudayaan yang makmur.
Pada akhir zaman Kerajaan Majapahit (1294-1478), wilayah yang sekarang menjadi Kabupaten Cilacap terbagi menjadi beberapa wilayah kerajaan yang berbeda.
a. Wilayah Ki Gede Ayah dan Ki Ageng Donan
Wilayah ini berada di bawah kekuasaan Kerajaan Majapahit, salah satu kerajaan terbesar di pulau Jawa pada saat itu. Ki Gede Ayah dan Ki Ageng Donan adalah tokoh penting dalam sejarah wilayah ini.
b. Wilayah Kerajaan Nusakambangan dan Adipati Pasir Luhur
Sebagian wilayah Kabupaten Cilacap adalah bagian dari Kerajaan Nusakambangan dan wilayah Adipati Pasir Luhur.
Masing-masing wilayah ini memiliki pengaruhnya sendiri dalam perkembangan wilayah ini.
c. Wilayah Kerajaan Pakuan Pajajaran
Bagian lain dari wilayah ini berada di bawah pengaruh Kerajaan Pakuan Pajajaran.