Namun, proyek ambisius ini juga menghadapi tantangan dalam hal pendanaan. Diperlukan biaya yang luar biasa besar, diperkirakan mencapai Rp100 triliun, untuk membangun dua terowongan yang direncanakan.
Setiap terowongan memerlukan dana antara Rp34-51 triliun. Meskipun angka ini mengguncang, pemerintah Indonesia menyadari pentingnya infrastruktur yang kuat untuk menghubungkan kedua pulau ini.
Terowongan Nusantara tidak hanya akan menjadi jalur transportasi, tetapi juga pusat fasilitas keamanan yang canggih.
Pipa karbondioksida (CO2), pipa hidran, dan jalur evakuasi akan menjadi bagian integral dari terowongan ini.
Teknologi modern juga akan diadopsi dengan menyertakan jalur serat optik untuk komunikasi yang lebih baik.
Sayangnya, proyek ini mengalami penundaan karena kesulitan dalam menarik investor.
Meskipun rencana pembangunan telah diusulkan sejak 2006, belum ada investor yang tertarik untuk berinvestasi dalam proyek ini.