Dilansir CilacapUpdate dari laman resmi LTMPT, berikut daftar SMA unggulan di Kabupaten Kepulauan Yapen yang masuk top 1000 sekolah terbaik di Indonesia:
1. SMA NEGERI 1 SERUI
- Rata Rata Nilai
- BAHASA INDONESIA: 60,90
- BAHASA INGGRIS: 41,79
- MATEMATIKA: 31,17
- RERATA NILAI: 43,16
2. SMA NEGERI 2 SERUI
- Rata Rata Nilai
- BAHASA INDONESIA: 50,35
- BAHASA INGGRIS: 35,35