Dengan membangun dan membina ponpes tersebut, pemerintah berharap dapat mengarahkan kegiatan pendidikan dan keagamaan di Ponpes Al-Zaytun agar sejalan dengan prinsip-prinsip ajaran agama yang benar.
Tidak dapat dipungkiri bahwa ponpes Al-Zaytun memang telah memicu perdebatan dan kontroversi di masyarakat.
Namun, keputusan pemerintah untuk tidak membubarkan ponpes tersebut menunjukkan bahwa pemerintah ingin memberikan kesempatan kepada ponpes tersebut untuk memperbaiki dan memperbaiki praktek-praktek yang dianggap kontroversial.
Pemerintah juga akan melakukan pengawasan yang ketat terhadap kegiatan di ponpes tersebut agar terhindar dari ajaran yang bertentangan dengan nilai-nilai agama yang dianut oleh masyarakat Indonesia secara umum.***