2. Pondok Pesantren Miftahul Huda Majenang
Pondok pesantren ini berada di ujung barat Cilacap yaitu di Kecamatan Majenang. Jarak dari kota Cilacap sekitar 80 KM. Lembaga ini juga sama dengan pondok pondok pada umumnya yaitu menyediakan pendidikan formal mulai dari MI, MTs., MA hingga perguruan tinggi.
Baca Juga: Sukabumi Benar Hebat! Ini 17 SD Terbaik di Kota Santri Sukabumi Siap Membangun Karakter Anak
3. Pondok Pesantren Al Fatah Maos
Pondok Pesantren Al Fatah Maos adalah sebuah Pondok Pesantren Salafiyah yang di dirikan pada tahun 1978. Pondok Pesantren Al Fatah Maos menawarkan jenjang pendidikan formal Tsanawiyah (MTs.) dan Aliyah (MA), di kombinasikan dengan tahfidz Quran dengan jumlah 30 juz. Sehingga alumni alumninya banyak yang menjadi hafidz Qur'an (penghafal qur'an).
4. Pondok Pesantren Al Hidayah Kroya
Pondok pesantren ini merupakan pondok pesantren khusus putri sehingga untuk yang putra ditempatkan di lokasi yang berbeda. Di lembaga ini selain pendidikan non formal, juga menyediakan formal yaitu Mts. Dan SMK.
Dan juga dilengkapi dengan program tahfidz (hafalan Al Qur'an) sehingga bagi orang tua yang ingin memondokkan putrinya agar belajar tahfidz bisa segera mendaftar di lembaga ini. Alamatnya berada di belakang stasiun kroya dan tidak jauh dari pasar kroya.
5. Pondok Pesantren Darul Quro
Lembaga berada di Jalan Raya Tegalsari, Panggangsurup, Kawunganten Lor, Kecamatan Kawunganten, Cilacap. Lembaga pendidikan yang tersedia juga hampir sama dengan pondok pondok pada umumnya yaitu menyediakan Lembaga pendidikan formal dan non formal.