1. Pesantren Al Ihya Ulumaddin
Pondok Pesantren Al Ihya Ulumaddin merupakan pondok pesantren tertua di Cilacap. Lembaga ini berdiri pada tahun 1925. Lembaga ini menyediakan berbagai pendidikan baik formal maupun non formal. Pendidikan formal diantaranya TK, MI, SLTP, MTS, SMU, MA, SMK TEKOM, dan Universitas Nahdlatul Ulama Al Ghazali (UNUGA).
Kemudian untuk Non formalnya juga tersedia seperti Madrasah Diniyah, Majelis Ta’lim yang terdiri dari pengajian selasaan (1 minggu sekali) dan pengajian Jum’at Kliwonan.
Selain itu di lembaga ini juga menyediakan pendidikan tahfidz (hafalan Al Qur'an) sehingga setiap tahunnya selalu ada yang khatam tahfidz qur'an. Dan lulusannya atau alumni alumninya tersebar di berbagai kegiatan di masyarakat juga banyak yang masuk instansi instansi negara. Alamat lembaga ini berada di Jl. Raya Kesugihan dan dekat dengan pasar Induk Kesugihan.
2. Pondok Pesantren Miftahul Huda Majenang
Pondok pesantren ini berada di ujung barat Cilacap yaitu di Kecamatan Majenang. Jarak dari kota Cilacap sekitar 80 KM. Lembaga ini juga sama dengan pondok pondok pada umumnya yaitu menyediakan pendidikan formal mulai dari MI, MTs., MA hingga perguruan tinggi.
3. Pondok Pesantren Al Fatah Maos
Pondok Pesantren Al Fatah Maos adalah sebuah Pondok Pesantren Salafiyah yang di dirikan pada tahun 1978. Pondok Pesantren Al Fatah Maos menawarkan jenjang pendidikan formal Tsanawiyah (MTs.) dan Aliyah (MA), di kombinasikan dengan tahfidz Quran dengan jumlah 30 juz. Sehingga alumni alumninya banyak yang menjadi hafidz Qur'an (penghafal qur'an).
4. Pondok Pesantren Al Hidayah Kroya