Setelah imbang 3-3 melawan Newcastle pada Agustus, ini kali kedua City gagal meraih poin maksimal.
City yang belum terkalahkan menduduki tempat kedua dalam klasemen, di atas Tottenham karena menang selisih gol dan satu poin di bawah pemuncak klasemen yang baru berlaga Minggu ini melawan tuan rumah Manchester United.
Baca Juga: PSCS Cilacap Gagal Raih Poin Penuh Lawan Persipa Pati, Kesalahan Kontra Persijap Jepara Terulang
Villa kini keluar dari zona degradasi berkat sebuah gol yang dicetak setelah penampilan penuh perjuangan yang mengurangi tekanan kepada pelatih Steven Gerrard yang dalam beberapa hari berada di bawah tekanan.
Kyle Walker menyia-nyiakan peluang emas membawa City unggul pada menit keempat ketika bek kanan itu meneruskan umpan Ilkay Gundogan setelah tusukan yang menembus pertahanan Villa.
Kevin De Bruyne kembali masuk "line-up" City menggantikan Julian Alvarez setelah bintang Belgia itu diistirahatkan setelah kemenangan 6-0 atas Nottingham Forest.
De Bruyne melepaskan tembakan jarak jauh yang melebar dari gawang Villa sebelum melepaskan umpan indah yang disambut Gundogan namun kiriman bolanya agak melenceng dari sasaran.
Ketika skuad Guardiola terkonsentrasi di daerah permainan Villa, Ollie Watkins hampir mengecoh mereka saat istirahat ketika menusuk area pertahanan City dan melepaskan tembakan yang melewati tiang gawang.
Dibendung sampai tak bisa menciptakan satu pun tembakan tepat sasaran pada babak pertama, City akhirnya memecahkan kebuntuan pada menit kelima babak kedua.