Sinopsis Spy x Family part 2 ini, menceritakan kelanjutan dari part 1 sebelumnya dan dilanjutkan dengan Loid Forger (Twilight) ditugaskan dalam misi untuk menghentikan pembunuhan Menteri Westalis, Brantz, yang akan melakukan perjalanan ke Ostania.
Rencara pembunuhan itu, dilakukan oleh kelompok mahasiswa radikal yang terlibat dalam kegiatan kekerasan untuk membunuh Mentri tersebut.
Di sisi lain, mahasiswa radikal itu terungkap ada informasi bahwa mereka melakukan kegiatan proyek rahasia, dimana hewan tersebut digunakan untuk tujuan militer.
Namun, salah satu hewan yang menjadi subjek percobaan tersebut tidak sengaja ditemukan oleh Anya.
Hewan yang ditemukan Anya adalah anjing berbulu putih dan diketahui anjing tersebut mampu melihat masa depan.
Akan tetapi, karena Anya dapat membaca pikirannya, apa boleh buat dia akhirnya ikut campur dalam misi penyelamatan Loid Forger, ayahnya agar tidak mati.
Tahap demi tahap Anjing itu kemudian diadopsi oleh keluarga Forger dan Anya menamainya dengan nama panggilan Bond.