Tahapan pertama adalah penyiapan proyek dan tender. Pada tahap ini, tim akan melakukan persiapan dan pengadaan proyek serta melakukan lelang tender.
Proses penyiapan proyek dan tender akan berlangsung mulai tahun 2022 hingga 2023. Setelah tahap ini selesai, maka tahap berikutnya adalah financial close dan pembebasan lahan.
Pada tahapan kedua, tim akan melakukan financial close dan pembebasan lahan untuk proyek Jalan Tol Yogyakarta - Cilacap. Diharapkan tahapan ini dapat selesai dalam kurun waktu tahun 2023-2024.
Financial close merujuk pada penyelesaian perjanjian keuangan untuk mendanai proyek, sementara pembebasan lahan merujuk pada pengambilan tanah dan pemindahan penduduk yang ada di jalur proyek.
Tahap ketiga adalah proses konstruksi. Proses konstruksi proyek Jalan Tol Yogyakarta - Cilacap dapat segera dimulai secara bertahap mulai tahun 2024 hingga 2029.
Dalam tahap ini, konstruksi akan dilakukan secara bertahap dan ruas jalan tol yang telah rampung konstruksinya bisa dioperasikan secara bertahap hingga tahun 2074.
Tahap konstruksi dapat ditempuh dengan tiga tahapan: